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推荐意见1：

实时荧光PCR包括单靶标或多靶标呼吸道病原体核酸检测，可作为核酸即时检测法的参考方法，主要适用于门急诊、住院患者和大规模人群筛查。

推荐意见2：

免疫功能正常、存在住院风险的气管支气管炎成人患者。针对此类人群，建议采用多靶标病原体核酸检测技术明确病原，以缩短抗生素使用时间和患者住院时间。

推荐意见3：

建议对重症社区获得性肺炎患者同时进行常规病原学检查和核酸检测，以提高病原体检出率。

推荐意见4：

医院获得性肺炎和呼吸机相关肺炎患者，病原学诊断应以传统培养方法为主，必要时联合采用多靶标病原体核酸检测，无需常规行mNGS，仅在患者存在免疫缺陷、3d内未通过传统微生物检验明确病原体且经验性抗感染治疗无效时，考虑行以DNA测序为主的mNGS。

需根据疾病流行情况、患者病情严重程度、症状持续时间、合并症情况、免疫抑制状态评估结果、其他辅助检查结果的可参考性以及对预后的初步评判，决定是否对疑似急性上呼吸道感染的上述患者进行检测。

新型冠状病毒肺炎或流感大流行期间，快速分子检测有助于预检分诊、缩短就诊时间、减少传染病传播风险；又如，当患者免疫功能严重受损，同时疑似流感样症状时，或者呼吸道病毒检测可能会影响医生抗病毒药物或停用抗生素的决定时，需要对呼吸道病毒进行检测。

在流行风险高的季节，高危人群（老年人、儿童、孕产妇、合并基础疾病患者）进行流感病毒检测可能比经验性抗流感治疗更经济。此外，快速的结果反馈（如2h内即出结果的快速分子检测）能够缩短患者门急诊就诊时间，降低流感传播风险，有利于传染病控制。

在流感病毒、新型冠状病毒等大流行期间，门急诊针对上述两种病毒的抗原检测或分子诊断技术有助于快速分诊并指导隔离防控，避免院内传播，但前者敏感性低于后者。对于免疫功能正常且存在住院风险的成人患者而言，尽快采用多重PCR技术明确病原，可能会缩短抗生素使用时间和住院时间，但儿童毛细支气管炎患者并不推荐常规病毒检测。

若怀疑为支原体、衣原体、军团菌、病毒等感染时，可采用血清特异性抗原、抗体检测联合核酸检测和分离培养；实时荧光PCR、等温扩增、数字PCR、高通量测序技术可同时检测多种病原体，提供病原体分型、毒力基因和耐药基因等深入分析。如果临床倾向于RNA病毒感染，建议选择RNA高通量测序。危重症患者同时开展常规病原学检查辅以病原体核酸检测，两者可相互补充，有利于快速准确确定致病原，更好地服务于临床。

对于有流行病学史、流感样症状或病情严重需要住院治疗的AECOPD患者，推荐尽早进行流感病毒、新型冠状病毒等呼吸道病毒的抗原和/或核酸检测，核酸检测的敏感性高于抗原检测。 

免疫功能受损患者，发生下呼吸道感染时病原学构成更加复杂，条件致病菌、少见病原体、混合感染发生的比例更高，此时患者病情更重、进展更迅速。可考虑多种方法并行送检，临床常需积极开展涵盖目标病原体的多靶标核酸检测或 mNGS以尽早诊断致病病原体。