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以下文章来源于北京微未来
引起2019新型冠状病毒肺炎的病原体SARS⁃CoV⁃2（新型冠状病毒）仍在世界范围内大规模流行。《病毒学报》网络首发论文在线发表了来自中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所许文波研究员的综述文章，介绍了目前世界范围内共享和分析新型冠状病毒基因组序列的三种的网络平台和四种常用基因分型方法，简称为“中国分型法”、 “Pangolin 分型法”、“GISAID 分型法”和“Nextstrain 分型法”，这些成果便于全世界的研究人员选择合适的分型方法对序列进行基因分型，进一步研究其进化动力、传播链、基因组溯源的地域和流行病学信息等。
用于共享和分析 SARS⁃CoV⁃2 基因组序列的三个网络平台
全 球 共 享 流 感 数 据 库（Global Initiative on Sharing All Influenza Data， GISAID）（https：// www.gisaid.org）
GISAID旨在促进所有流感病毒序列、与人类病毒有关的相关临床和流行病学数据与禽和其他动物病毒有关的地理以及物种特定数据等数据的共享。
Nextstrain（https：//nextstrain.org）
Nextstrain 是目前全球最通用的SARS⁃CoV⁃2序列信息 可视化平台。可直观地展示SARS⁃CoV⁃2的进化树，突变位点及个数，操作简单易懂，操作界面清晰美观。
CoV⁃GLUE（http：//cov⁃glue.cvr.gla.ac.uk）
CoV⁃GLUE主要提供两大功能领域：允许用户浏览SARS⁃CoV⁃2 宏基因组允许用户将他们自己的SARS⁃CoV⁃2序列提交到网站以获取列的变异信息氨基酸替换和编码区缺失或插入的数据。
Nextstrain 网站全球 SARS⁃CoV⁃2 进化信息的可视化页面（https：//nextstrain.org/ncov/global）
SARS⁃CoV⁃2 四种常用基因分型方法
01
L与S基因型与进一步的家系（lineage）划分（中国分型法）
根据不同 SNP 定义将 S 和 L 型别 进一步划分为家系如下图：此分型法为目前中国最通用的方法，因此在本文中简称为中国分型法。
02
A，B 主 分 支 为 基 础 的 详 细 进 化 分 支（lineage）划分(Pangolin 分型法）
Pangolin，为穿山甲之意，因此也简称为Pangolin分支。学者还可以根据划分分支的依据自己划分并提交某一分支。此分型方法也为目前通用的方法之一。如下图所示。
03
以突变位点实际字母命名的进化簇（cluster）划分（GISAID分型法）
此分类方法为目前国际较为通用的方法之一，在本文中简称为GISAID分型法。GISAID中95%的SARS⁃CoV⁃2数据目前可以归入7个大小平衡的簇：S 簇、L 簇、V 簇、G 簇、GH 簇、GR 簇、GV 簇如下图。
04
以病毒出现的年份⁃字母顺序命名的的进化簇（clade）划分（Nextstrain分型法）
按病毒估计出现的年份顺序和字母顺 序命名主要的簇，例如主簇 19A、19B、20A。这样命名可以每年更新，并减少字母的使用带来命名的混乱。此分型方法也为目前国际较为通用的方法之一，如下图。
SARS⁃CoV⁃2中国分型法与三种国际分型法的大体对应关系
截至到2020年11月3日，COVID ⁃19疫情仍旧在世界范围内持续暴发，随着GISAID上SARS⁃CoV⁃2基因组序列的不断增多，学者们对其分型仍在不断细化和完善。在COVID⁃19大流行得到有效控制时，国际上应整合完善并使用统一的分子分型方法，便于全球追踪SARS⁃CoV⁃2的各个型别流行的地理区域和传播路线，为有效阻断传播提供清晰的基因组分子分型溯源依据。